O MESPT integra diversos laboratórios e grupos de pesquisa que desenvolvem estudos voltados para a sustentabilidade e os direitos de povos e comunidades tradicionais.
Laboratório de Estudos Interculturais (LEI):Foco em práticas educativas e saberes tradicionais.
Grupo de Pesquisa em Sustentabilidade e Territórios (GPST):Análise de políticas públicas e gestão territorial.
Laboratório de Antropologia da Saúde e Ambiente (LASA):Estudos sobre saúde coletiva em comunidades tradicionais.
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